Betriebsprüfung durch das Finanzamt: Ablauf und Praxis-Tipps für Unternehmen

1) Was ist eine Betriebsprüfung?

Eine Betriebsprüfung ist eine umfassende Überprüfung der steuerlichen Verhältnisse eines Unternehmens oder Selbstständigen durch das Finanzamt, meist direkt vor Ort. Sie wird oft auch als Außenprüfung bezeichnet. Betriebsprüfungen sind grunsätzlich bei Unternehmen und vielen beruflich Selbstständigen zulässig und dienen der umfassenden Kontrolle steuerlich relevanter Sachverhalte.

2) Wann kommt die Betriebsprüfung und wie oft prüft das Finanzamt?

Das Finanzamt ist zunächst auf die Erklärungspflichten der Steuerpflichtigen angewiesen. Das bedeutet, dass die Unternehmen ihren gesetzlichen Verpflichtungen zu Buchhaltung, Belegführung, Jahresabschlüssen, Steuererklärungen etc. nachkommen.

Im Rahmen der jährlichen steuerlichen Veranlagung von Unternehmen (, Steuererklärungen, etc.) werden bereits gewisse Kontrollen von Amts wegen vorgenommen. Diese Kontrollen beziehen sich aber letztlich nur auf offensichtliche Fehler oder Widersprüche in den eingereichten Unterlagen. Eine wirkliche Kontrolle ist daher nur im Rahmen einer umfassenden Betriebsprüfung möglich.

Ob das eigene Unternehmen einer Betriebsprüfung unterzogen wird, hängt von zahlreichen Einflussfaktoren ab. Maßgeblich sind hier u. a. die Betriebsgröße und das „Ranking“ beim Finanzamt.

Betriebsgröße und „relative Größe“ im Umfeld

Große Unternehmen werden häufiger geprüft, mittlere und kleinere in größeren Abständen. In Ballungsräumen wie Berlin/Potsdam kann die „relative Größe“ anders wirken als in ländlichen Regionen: Ein Unternehmen mit etwa 50 Mitarbeitenden wird dort im Vergleich zu sehr großen und vielen mittelgroßen Firmen tendenziell seltener geprüft als ein ähnlich großes Unternehmen in einer Region mit weniger größeren Arbeitgebern.

Risikoorientierte Auswahl

Finanzbehörden priorisieren Prüfungen risikoorientiert. Dabei fließen Erkenntnisse ein, die Hinweise auf steuerliche Auffälligkeiten oder „Zuverlässigkeit“ geben können, etwa:

• häufige Änderungen von Steuererklärungen
• fehlende oder fehlerhafte Angaben
• verspätete Einreichungen von Unterlagen
• Unstimmigkeiten, die sich aus digitaler Auswertung ergeben (durch standardisierte elektronische Einreichungen und automatisierte Prüfungen)

Zusätzlich können Hinweise aus anderen Prüfungen eine Rolle spielen: Bei Betriebsprüfungen werden häufig auch Informationen zu Geschäftspartnern relevant, wenn der Leistungsaustausch, Rechnungen oder Leistungszeiträume auffällig wirken.

3) Wie beginnt eine Betriebsprüfung? Prüfungsanordnung und erster Check

Jeder Prüfung geht eine Prüfungsanordnung voraus. Sie bestimmt den Umfang der Außenprüfung und sollte vom Steuerberater hinsichtlich ihrer Zulässigkeit entsprechend der Abgabenordnung geprüft werden. Entscheidend ist dabei, dass Zeitraum und Umfang sauber geprüft werden, insbesondere mit Blick auf Fristen und Verjährungsfragen.

Der Prüfungszeitraum beträgt in der Regel die vergangenen drei Jahre.

Praxis-Hinweis: Jahresend-Timing und Ablaufhemmung

Prüfungsanordnungen kommen in der Praxis nicht selten zum Jahresende. Hintergrund ist häufig, dass verfahrensrechtliche Fristen und die Wirkung der Prüfungsanordnung auf den Ablauf von Festsetzungsfristen eine Rolle spielen können. (Das ist kein Automatismus, aber ein häufiger Grund, warum die Anordnung „plötzlich“ zum Jahresende eingeht.)

Eröffnungsgespräch: oft unterschätzt

Regelmäßig ist ein Eröffnungsgespräch mit Geschäftsleitung und steuerlicher Vertretung sinnvoll. Es hilft, den Rahmen zu klären und ein Gefühl dafür zu bekommen, welche Prüffelder im Fokus stehen könnten („wohin die Reise geht“). Darauf zu verzichten ist möglich, aber häufig verschenkt man damit eine wichtige Chance zur Einflussnahme.

4) Vorbereitung der Betriebsprüfung: Was intern vorab geklärt sein sollte

Wer sich nicht vorbereitet, unterschätzt die Risiken. Sinnvoll ist ein kurzer, aber konsequenter Vorbereitungsblock, bevor die erste große Daten- und Unterlagenanforderung beantwortet wird.

Unternehmen mit haben hier einen klaren Vorteil: Kennzahlensysteme, Soll-Ist-Vergleiche und strukturierte Reportings ermöglichen deutlich schnellere und präzisere Antworten auf Prüferanfragen.

Strategie bei bekannten Risiken

Wenn bekannte steuerliche Risiken existieren, sollte früh eine Strategie festgelegt werden: Wie wird erklärt? Welche Belege tragen? Welche Punkte sind eher Beweisfrage, welche Rechtsfrage?

Wichtig als Grundsatz: Wenn eine Prüfungsanordnung bereits vorliegt, ändern sich regelmäßig die Rahmenbedingungen für Schritte, die auf „Vorher-Nachher“-Zeitpunkte abstellen. Wenn es Anzeichen für kritische Themen gibt, sollte das sehr früh eingeordnet werden und es sollten erforderliche Gegenmaßnahmen besprochen werden.

5) Digitale Betriebsprüfung: Datenzugriff, Auswertungen, Prüffragen

Ein häufiger „Startschuss“ in der Praxis ist die Anforderung der Buchhaltungsdaten für die Prüfungsjahre. Damit kann die Betriebsprüfung sehr tief gehen, bis auf Ebene einzelner Buchungssätze und ggf. Geschäftsvorfälle. Viele Betriebsprüfer bereiten sich gezielt auf bestimmte Prüffelder vor; es kommt vor, dass Betriebsprüfer sich auf einen Bereich intensiv vorbereiten, weil sie hier Chancen auf Prüfungsfeststellungen sehen. Das ist ein klares Signal: Nicht „darauf hoffen, dass es nicht auffällt“, sondern gezielt reagieren.

Z1–Z3: Drei Zugriffsmöglichkeiten auf digitale Daten

Für digital gespeicherte Unterlagen sieht § 147 Abs. 6 AO drei Zugriffsmöglichkeiten vor (Z1–Z3). Welche genutzt wird, liegt im pflichtgemäßen Ermessen der Betriebsprüfung; der Verhältnismäßigkeitsgrundsatz setzt dabei Grenzen.

1. Z1 (unmittelbarer Zugriff): Zugriff mit Leserechten auf das System
2. Z2 (mittelbarer Zugriff): Auswertungen/Abfragen werden nach Vorgabe erstellt
3. Z3 (Datenüberlassung): Strukturierte Daten werden zur Prüfung übergeben

Remote statt dauerhaft vor Ort

In den letzten Jahren laufen viele Betriebsprüfungen überwiegend „aus der Amtsstube“, weil digitale Auswertungen große Teile der Prüfung ermöglichen. Vor-Ort-Termine gibt es weiterhin, aber oft kürzer oder punktuell.

Typisch: Fragenkataloge in Wellen

Auf Basis der Auswertungen kommen häufig mehrseitige Fragenlisten. Sie können 2–10 Seiten umfassen, in komplexeren Fällen deutlich mehr. Der Prüfungsverlauf entsteht oft über mehrere Runden (erste Anfrage, zweite Anfrage, usw.). Kleine Unternehmen liegen häufig im Bereich einiger Monate; in komplexen Fällen können sich Prüfungen deutlich länger hinziehen.

6) Betriebsprüfung Ablauf: Schritt für Schritt

1. Prüfungsanordnung
   Was passiert: Zeitraum/Steuerarten/Umfang werden festgelegt.
   Ihr Fokus: formaler Check, Zuständigkeiten, Zeitplan.
2. Vorbereitung intern
   Was passiert: Sammlung der relevanten Sachverhalte und Unterlagenwege.
   Ihr Fokus: Risikoscan, Strategie, Kommunikationsregeln.
3. Eröffnungsgespräch (häufig sinnvoll)
   Was passiert: Rahmen, Datenzugriff, Kommunikationskanal, Taktung.
   Ihr Fokus: klare Absprachen, keine Nebenkommunikation.
4. Daten- und Unterlagenanforderungen
   Was passiert: Buchhaltungsdaten, Verträge, Nachweise, Auswertungen.
   Ihr Fokus: vollständige, dokumentierte Übergabe (Versionierung).
5. Prüferanfragen in Wellen
   Was passiert: Fragenkataloge, Nachforderungen, Präzisierungen.
   Ihr Fokus: schriftlich, belegbar, „nur das Nötige, aber vollständig“.
6. Vorläufige Feststellungen
   Was passiert: Prüfer:innen teilen Tendenzen und Klärungspunkte.
   Ihr Fokus: Priorisieren, Beleglage stärken, Rechtsposition sauber formulieren.
7. Prüfungsbericht
   Was passiert: Feststellungen werden zusammengefasst.
   Ihr Fokus: Punkt-für-Punkt-Prüfung, Vorbereitung Abschlussgespräch.
8. Abschlussgespräch und Bescheide
   Was passiert: Schlussbesprechung, danach geänderte Steuerbescheide.
   Ihr Fokus: ruhige Gesprächsführung, Bescheide prüfen, Folgejahre ableiten.

7) Kommunikation mit Betriebsprüfern als unterschätzter Erfolgsfaktor

In der Praxis spielen Emotionen eine größere Rolle, als viele vorher erwarten. Je länger eine Prüfung dauert und je mehr Feststellungen zu Steuernachzahlungen führen, desto höher wird der Druck. Genau dann zahlt sich ein professioneller Umgang aus.

Warum die Zurückhaltung sinnvoll ist: Manche Prüfer tasten sich an ihr eigentliches Thema heran. Ein kleiner Hinweis kann ausreichen, um ein neues Prüffeld zu öffnen. Und: Einmal übergebene Informationen lassen sich praktisch kaum „zurückholen“; nachträgliche Verwertungsverbote sind erfahrungsgemäß nicht durchzusetzen.

Beispiel aus der Praxis: Es werden versehentlich private Kontoauszüge statt betrieblicher Kontenunterlagen übergeben. Solche Fehler entstehen selten aus Absicht, aber sie können bewirken, dass die Betriebsprüfung auch auf private Sachverhalte ausgeweitet wird.

Ermessensspielraum im Ablauf

Betriebsprüfer arbeiten nach strikten Regeln und internen Anweisungen, haben aber Spielräume im Verfahrensablauf: Sie können Themen ruhen lassen oder tiefer bohren, Reihenfolgen ändern und Fristen setzen. Wer früh eskaliert, schränkt seine Chancen auf pragmatische Lösungen ein. Streiten kann man – wenn nötig – später immer noch.

8) Abschlussgespräch: Worum es geht und worum nicht

Mit dem Prüfungsbericht ist der „vorläufige Schlusspunkt“ gesetzt. Spätestens jetzt sollten alle strittigen Punkte fachlich begegnet worden sein. Das Abschlussgespräch kann nur so gut verlaufen wie seine Vorbereitung.

Realistische Ziele im Abschlussgespräch

• strittige Sachverhalte und "teure" Prüfungsfeststellungen entkräften
• Rechtsauffassungen forciert darlegen und "Druck" aufbauen
• Einigungen zustimmen, wo es nicht viel "kostet"

Häufig gilt: Wenn es um viel Geld (hohe Steuernachzahlungen) geht, ist auf Seite der Finanzverwaltung nicht selten auch die vorgesetzte Stelle eingebunden (Sachgebietsleiter).

Was fast nie funktioniert: Drohungen, „Faust auf den Tisch“, oder das Infragestellen eindeutiger Sachverhalte ohne Substanz. Auch „Basar-Feilschen“ ist oft nicht zielführend (aber man kann es manchmal versuchen). Verständigungen funktionieren dann, wenn beide Seiten ohne Gesichtsverlust zustimmen können. Hier ist die hohe Kunst, einen Weg mit Formulierungen, illustren Sachverhaltsbeschreibungen und positiven Zustimmungsmerkmalen so aufzubauen, dass beide Seiten gewinnen können.

9) Beendigung der Betriebsprüfung: Bescheide, Einspruch, lange Verfahren, Folgejahre

Nach dem Abschlussgespräch (oder nach Abschluss der Prüfung, wenn es noch Änderungen gibt) folgen geänderte Steuerbescheide. Danach gibt es grundsätzlich den Rechtsweg über Einspruch und ggf. Finanzgericht bis hin zu höheren Instanzen. Solche Verfahren können lange dauern; an der Fälligkeit von Nachzahlungen ändert das zunächst nichts.

Wichtig und oft übersehen: Folgejahre müssen bei gleichen Sachverhalten auch korrigiert werden. Beispiel: Nicht anerkannte Rückstellungsbildungen müssen nach dem Prüfungszeitraum auch in Folgejahren aufgelöst werden.

10) Nach dem Spiel ist vor dem (nächsten) Spiel

Die Betriebsprüfung erstellt zusätzlich interne Auswertungen, was für die nächste Betriebsprüfung zu beachten ist oder wo sich erfolgsversprechende Prüfungsbeanstandungen ergeben können.

Das Gleiche muss grundsätzlich auch für die Unternehmensebene erfolgen. Wir erstellen Auswertungen, was gut gelaufen und was schlecht gelaufen ist, wo wir Glück gehabt haben, weil etwas nicht gesehen bzw. gefunden wurde, wo wir Pech hatten. Darüber reden wir mit Ihnen und legen gleich die beste Strategie fest, wie es zukünftig besser laufen kann.

Kontakt